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聚對苯二甲酸乙二醇酯PET分子鏈可以看作是由三部分組成，柔性的脂肪烴基，剛性的苯撐基，極性酯基。苯撐基是剛性結構單元，阻礙分子鏈自由旋轉，又可以與極性酯基形成大共軛體系，更增大了分子鏈的剛性。脂肪烴基又賦予分子鏈一定的柔性，但它的影響小于前兩者，所以該聚合物總體上表現出較大的剛性，使其具有較高的玻璃化溫度和較高的熔融溫度，也可預料材料具有較優異的力學性能。極性酯基可以增大分子鏈之間的引力，但苯撐基的存在卻會使分子鏈間引力減小。聚合物的內聚能密度在聚合物中屬于中等或中等略偏高的水平。聚對苯二甲酸乙二醇酯PET分子鏈上各基團排列整齊，大分子鏈規整，分子鏈上所有苯環幾乎處在同一平面，微微呈平面起伏狀。不同分子鏈凹凸部分相嵌，使聚合物的斂集密度較高。規整的分子鏈使聚合物可以結晶，但較剛的分子鏈又妨礙結晶過程。因此，聚合物從熔體冷卻凝固時緒晶速率較小，只能得到不太高的結晶度。有資料介紹，在一般的制品中該聚合物僅可達到 40%的結晶度。如果對熔體快速冷卻，可得到無定形結構。