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原位雜交是指；分子雜交的一種形式。由未經抽提分離的染色體DNA，在原來位置上被變性成單鏈后，與探針進行分子雜交。1977年由本頓(W.D.Benton)和戴維斯(R.W.Davis)在原分子雜交基礎上發展的一種較新的分子雜交技術。方法是將菌落或噬菌斑轉移到硝9酸纖維素濾膜上，使在原位發生溶菌后變性的DNA，同濾膜原位結合，再與有放5射性同位素標記的特定核苷酸“探針”雜交，其結果可用放5射自顯影來顯示，出現銀粒的地方便是待測染色體DNA上與探針互補順序所在的位置。對快速檢測轉化群落中的DNA序列或任何一種插入的DNA序列，以及動植物的基因定位工作，都具有廣泛應用價值。(見“分子雜交”、“放5射自顯影”、“影印培養技術”)

使用分支DNA信號擴增的RNA FISH

Invitrogen? ViewRNA?和PrimeFlow?檢測是使用分支DNA信號擴增 (bDNA) 來檢測特異性信號的直接熒光RNA ISH方法。 使用獨立但兼容的信號擴增系統讓RNA靶標的多重復用成為可能。 熒光RNA原位雜交檢測分為四個主要步驟：樣本制備、靶標雜交、信號擴增以及檢測。 該方法可實現更高的特異性，更低的背景值和更高的信噪比。

總的來說，隨探針濃度增加，雜交率也增加。另外，在較窄的范圍內，隨探針濃度增加，敏感性增加。依我們的經驗，要獲得較滿意的敏感性，膜雜交中32P標記探針與非放0射性標記探針的用量分別為5～10 ng/ml和25～1000ng/ml，而原位雜交中，無論應用何種標記探針，其用量均為0.5～5.0μg/ml。探針的任何內在物理特性均不影響其使用濃度，但受不同類型標記物的固相支持物的非特異結合特性的影響。