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原位雜交是指；分子雜交的一種形式。由未經抽提分離的染色體DNA，在原來位置上被變性成單鏈后，與探針進行分子雜交。1977年由本頓(W.D.Benton)和戴維斯(R.W.Davis)在原分子雜交基礎上發展的一種較新的分子雜交技術。方法是將菌落或噬菌斑轉移到硝9酸纖維素濾膜上，使在原位發生溶菌后變性的DNA，同濾膜原位結合，再與有放5射性同位素標記的特定核苷酸“探針”雜交，其結果可用放5射自顯影來顯示，出現銀粒的地方便是待測染色體DNA上與探針互補順序所在的位置。對快速檢測轉化群落中的DNA序列或任何一種插入的DNA序列，以及動植物的基因定位工作，都具有廣泛應用價值。(見“分子雜交”、“放5射自顯影”、“影印培養技術”)




原位雜交技術應用于染色體、細胞和組織切片等樣品中進行核酸特異性檢測，與免6疫組化技術的結合應用，能將DNA、mRNA和蛋白水平上的基因活性與樣品的顯微拓撲信息結合起來。1969年Pardue和Gall將放9射性標記的探針直接應用于純化核酸的雜交，此后得益于分子克6隆技術的發展，及不同探針標記系統和檢測系統的應用，大大增加了原位雜交檢測的應用靈活性和檢測靈敏度。



惰性多聚體可用來促進250個堿基以上的探針的雜交率。對單鏈探針可增加3倍，而對雙鏈探針、隨機剪切或隨機引物標記的探針可增加高達100倍。而短探針不需用促進劑，因其復雜度低和分子量小 ，短探針本身的雜交率就高 。硫酸葡聚糖是一種廣泛用于較長雙鏈探針雜交的促進劑。這是一種多聚胺，平均分子量為500 000。另一種常見的促進劑是聚乙二醇（PEG），PEG分子量小（6000～8000）、粘度低、價格低廉，但它不能完成取代硫酸葡聚糖。在某些條件下5%～10%硫酸葡聚糖效果較好，若用5%～10%PEG則可產生很高的本底。因此，使用促進劑時有必要優化條件。